2008年，国务院和地方政府都进行了大部制改革的探索尝试。近两年，中央编办结合“三定”执行情况，对2003年组建的商务部、2008年组建的工信部进行了调研分析。中国机构管理研究会对广东省出现的深圳模式、顺德模式、濠江模式以及粤北、粤西欠发达地区推广顺德模式的情况也做了专题调研。总的来说，大部制改革的探索积极有效，特别是解决了当前制约经济社会发展的体制和机制难题，实现了政策的预期目标。同时改革仍处于起步探索阶段，在实践当中也暴露出诸多问题。这些问题中有些是推行大部制改革的前提条件和基础问题，有些是大部制自身运转中出现的问题，有些是实行大部制后出现的新情况、新问题，有些是大部制外部环境变动带来的联动问题，有些是地方的共性问题，还有一些是局部的特殊问题。

　　第一，加快政府职能转变是大部制改革的核心任务。大部制改革的核心是政府职能转变，但在改革实践中，机构层面的整合更容易一些，而职能整合到位却异常困难。政府职能转变是一个老问题，它贯穿于我国改革开放和社会主义现代化建设事业的整个过程。同时也是一个新的问题，我们对政府职能转变的一般性规律认识仍处于探索阶段。政府职能总量虽有缩减，但基本仍维持了原来的规模，一些部门职能整合之后，职能体系依然很庞大，这是导致大部门制改革存在反弹压力的主要原因。而且这些部门习惯于采用传统的管理手段管理经济社会，虽然职能调配过去了，但行政审批权限下放不彻底，与市场互动不足，导致定位不准，越位、缺位、错位。

　　第二，进一步理顺政府内部的权利关系，探索内部运行机制创新是大部制改革的重中之重。大部制改革并不是说部门越大越好，必须有一个适度的规模。有的大部门整合了原来五、六个甚至更多部门的职能，职能范围扩大了，管理负担加重了，对部门的主要领导特别是一把手的素质能力、工作方法、监督制约提出了更高要求。同时，这些部门也存在着继续深化职能转变的问题，否则整合之后，虽然其内设机构、人员编制相对其他部门是较多的，但仍反映人手不足，管不过来。更突出的问题是部门的职能范围扩大，相应的权利行使更加集中。

　　由于大部制改革涉及政府内部权利结构的重组与调整，必然会打破原有的制度格局，触动部门利益，因而非常敏感。目前，由于大部制内在的权利关系理顺不到位，大部门内部封闭运行，一些部门集决策、执行、监督于一身，职能边界不断膨胀，缺乏有效制约和监督问责。这种相对集中的权利运行机制在特定发展阶段优势非常突出，但如在这种模式下对部门进行简单合并，缺乏有效的监督与制约，不利于科学民主决策，容易产生滥用职权、以权谋私、贪污腐败等问题。近些年，一些部门出现的腐败案件，从制度设计的层面看，也反映出这些领域的权力过于集中。解决这些问题的关键在于将大部门的整体构建与权力的合理配置结合起来，加强在大部门内部运行机制、具体组织和运行方式方面进行探索和创新。

　　第三，大部门制改革过程当中出现的领导超职数配备是暂时现象。这是大部门制改革之后出现的新情况，也是下一步深化改革必须考虑的一个难题，一些地方结合实际情况想了很多有效的办法。与其他改革不同，机构改革就是自己改自己，因此，改革越往纵深发展，改革的力度越大，利益受损的干部就越多，改革的阻力也就越大。新组建的部门都是整合多个部门而成，原有领导干部消化难度大，单纯靠自然减员，多年后才有职位空缺，干部晋升空间变小，许多人感到前途渺茫，影响了工作积极性。因此，为顺利推行大部制改革，就不可避免地会出现领导超职数配备问题。这一难题不可能一次性解决，也不可能完全依靠做思想政治工作解决，要提前做周密的配套改革方案，进一步深化干部人事制度改革，解决深层次障碍。

　　第四，大部门内部融合需要一个更长的磨合期。大部门通常由若干部门整合而成，这些部门在以往已经形成了自己特有的部门文化，因此大部门组建后，需要二至三年甚至更长时间的磨合期。一些原先不同的部门在新体制下仍保持着相对高的独立性，内部差异很大，影响了政府的整体效能，这一问题在地方的改革探索中同样很突出。此外，有些部门整合之后并没有按照新的定位和要求，相应的配置调整内部各司局的职能，而是各自延续原来的职能范围，这也导致内部不能有效融合。因此，下一步的改革对上一轮已经改变的部门，除需要适度调整的地方外，不宜再做大范围的调整，而应该给予一个稳定的时间段，促使其在职能、人员、机构等方面充分的整合融合，这就有必要放缓改革频率，延展改革周期。更重要的是，部门内部的调整融合方向是按照大部制的要求，根据新的职能定位综合设置内部机构，既要从数量上减少司局，又要在职责上放宽一些。

　　第五，加强对上下不对口问题的研究，进一步理顺大部门之间的关系。地方在探索实行大部门制改革的实践中，反映非常突出的一个问题是上下不对口。大部门制改革后，一个下级部门可能要对应多个上级部门，部门之间对接和运行机制都有待进一步完善。比如顺德改革，新组建的社会工作部目前对应省、市两级部门达35个，其中省一级是19个，市一级是16个。这种情况不仅严重影响了行政效率，更重要的是在一些地方，一些上级部门认为摘了我的牌，就是对这一部门或者系统不重视，因此，总想通过项目、经费、人员、绩效考评等手段和途径对下级政府进行干预。目前的改革是地方局部的试点，缺乏上下联动，产生这一问题具有客观必然性。但是下一步深化改革要着力加强对上下不对口问题的研究，重点探究不同层级政府机构设置的一般性规律，统筹推进改革，逐步理顺大部门之间的关系。